日美联合反恐组织“防卫省中央调查部谍报2科分室”（Central Intelligence and Research Second，CIRS）在海上油井爆炸事件（《灰色的乐园》结局的希斯·奥斯罗事件）后因被公之于众而重组为SORD（Social Ops, Research and Development），以培育国防人才为目的的SORD与全国各地的学校合作，废校后闲置的“美滨学园”为个人所收购，成为了“特殊技能训练校”。
校园中，因各种理由而失去容身之地的少女被授予武器。以国防的名义，她们被派遣执行一个又一个危险的任务。
“我们被赋予在世界上的容身之处。但仅仅那样是不够的，躲在别人的背后活着毫无意义。所以依靠自己的力量，为生存而战斗。只有幸存者才有活着的资格。”无论遭受何等苦难，却选择拿起武器继续战斗的少女，她们的未来是……